Las capillas de la basílica son una maravilla, cada una de ellas está dedicada a un santo diferente y decorada espectacularmente.

La Capilla de San Clemente está situada en el ábside de la derecha, esta capilla también está limitada por un iconostasio con estatuas realizadas por los Delle Masege. Los mosaicos que recubren la bóveda representan a San Clemente Se piensa que antiguamente existía una ventana en la parte de la derecha por la que el Dux seguía los oficios religiosos desde su palacio.

Los antiguos mosaicos que decoran los arcos del lado de la Capilla de San Pietro relatan los episodio de San Pedro y San Marcos. Esta capilla también se haya precedida por un iconostasio.

La Capilla de la Virgen de Nicopeia, tiene una imagen del Bizancio que es muy venerada en la isla, representa la Virgen con el Niño. Esta imagen es llamada Nicopeia, que quiere decir “artífice de victorias”.

La Capilla de Sant’Isidoro está cerrada por un muro decorado con el árbol genealógico de la Virgen María, un mosaico de finales sol siglo XII.

La Capilla de los Mascoli está destinada a los miembros de una cofradía estrictamente masculina tal y como indica su nombre en veneciano. Los mosaicos que decoran esta capilla son obra de Giambono, Andrea el Castagno, Jacopo Bellini y Andrea Mantenga, todos ellos mosaiquistas de ocasión.